Pour sécuriser votre e-mail avec SSL/TLS, le plus important est que le certificat corresponde correctement au nom de serveur que vous utilisez dans votre client de messagerie.
En général, si vous utilisez mail.votredomaine.com comme serveur entrant et sortant, le certificat doit couvrir ce sous-domaine.
Si votre client affiche une alerte, vérifiez que vous utilisez bien le nom de serveur recommandé et non une ancienne adresse IP ou un nom de serveur générique.